Cette opération consiste à traiter la pollution carbonée et azotée. La matière dissoute y est transformée en produits décantables grâce à l’action de bactéries. La pollution carbonée est dégradée en conditions d’aérobie. Pendant ce temps, l’azote organique est oxydé en nitrites et nitrates. Puis, en conditions d’anoxie, les nitrates sont réduits en diazote. Les micro-organismes tendent à s’agglomérer entre eux et à former un floc décantable.